Множественность сайтов связывания miRNA с mRNA гена SPN человека

MicroRNA (miRNA) являются короткими нуклеотидными последовательностями длиной от 16 до 27 нуклеотидов. Они способствуют подавлению транскрипции, связываясь с miRNA белок-кодирующих генов человека. Сиалофорин (SPN) является гликопротеином, который играет важную роль в апоптозе, внутриклеточной сигнальной трансдукции, активации Т-лимфоцитов при адаптивном иммунном ответе, клеточной адгезии и дифференцировке. Сверхэкспрессия гена SPN активирует онкосупрессорные белки p53 и ARF. В связи с чем важно знать какие miRNA могут ингибировать трансляцию mRNA онкосупрессорного гена SPN.

Нуклеотидные последовательности mRNA генов человека получены из GenBank. miRNA взяты из miRBase. Поиск генов-мишеней для miRNA проводили с помощью программы MirTarget, написанную в нашей лаборатории. Для каждого сайта рассчитывали отношение ΔG/ΔGm (%), где ΔGm равно свободной энергии связывания miRNA с полностью комплементарной нуклеотидной последовательностью.

Проведен поиск сайтов связывания 2036 miRNA в mRNA гена SPN человека. Используя программу MirTarget был отобран 31 сайт связывания со свободной энергии гибридизации miRNA с mRNA равной 90% и более. Особенностью этого гена является наличие большого количества высококомплементарных сайтов связывания. Другой особенностью является то, что двадцать miRNA образуют сайты связывания, расположенные в 3"UTR (30 сайтов) и в CDS (один сайт). MiR-4532 кодирует сайт связывания в CDS mRNA гена SPN, который кодирует олигопептид SPGLPG. Большинство miRNA имеют интрогенное происхождение: miR-378b (ATP2B2), miR-619-5p (SSH1), miR-574-5p (FAM114A1), miR-1273a (RGS22), miR-1273c (TIAM2), miR-1273d (KIF1B), miR-1273e, miR-1273f (SCP2), miR-1273g-3p (SCP2), miRp (KRIT1), miR-1972 (PDXDC1, PDXDC2P), miR-3123 (RGS7), miR-4279 (PDZD2), miR-4451 (ARHGAP24), miR-5095 (SCP2) и miR-5096 (BMP2K), где в скобках указан хозяйский ген. Эти miRNA могут совместно экспрессироваться с их хозяйскими генами. miR-466, miR-6127, miR-4532 и miRp являются межгенными. Необычным является то, что почти все представители одного семейства miRNA (miR-1273) имеют сайты связывания, расположенные рядом в разных комбинациях, с одной и той же mRNA. И такие группы с сайтами повторяются несколько раз на протяжении всей 3"UTR. miR-5095 и miR-619-5p образуют по четыре сайта связывания с mRNA гена SPN; miRp и miR-5096 — по три сайта и miR-4279 — по два сайта. miR-574-5p имеет полисайт связывания с mRNA SPN, который может начинаться с пяти разных нуклеотидов, которые находятся друг от друга на расстоянии двух нуклеотидов (2933н., 2935н., 2937н., 2939н. и 2941н.). Такой тип сайта так же как и полностью комплементарные сайты является более устойчивым к точковым мутациям. miR-5096 и miR-619-5p образуют полностью комплементарные сайты связывания, которые могут оказывать деградирующий эффект на mRNA гена SPN.

Ингибирование трансляции mRNA гена SPN может зависеть от экспрессии хозяйского гена SCP2, который кодирует miR-1273g-3p, miR-1273f и miR-5095. Эти miRNA образуют в сумме шесть сайтов, через которые может происходить ингибирование mRNA. Наличие нескольких сайтов связывания указывает на более сильный эффект ингибирования трансляции mRNA. Прослеживется непрямая регуляторная связь между хозяйскими генами и эффективностью экспрессии гена SPN. В результате было выявлено 20 miRNA, которые образуют высококомплементарные сайты с mRNA гена SPN.


Задубенко Денис Владимирович, e-mail: denis_zadubenko@atlevel.ru Источники: atlevel.ru , atlevel.ru
13:09 07.11.2017



Отзывы и комментарии
Ваше имя (псевдоним):
Проверка на спам:

Введите символы с картинки:



Оборудование и техникаПеревозкиТуризмНаука и образованиеДосуг, отдых, игрыФэн-шуй и непознанноеЕда, рецептыРастения и животныеСтроительство и ремонтАрхитектураИнтимная жизнь
Стоит прочесть

Почему древние люди были здоро...

Сегодня во многих местах планеты уже сформировалас...

Переезд: пять советов как орга...

Согласитесь, ежели образовывается потребность квар...

Полезны ли фруктовые соки?...

Говоря о пользе соков, мы подразумеваем соки натур...

Аркадный автомат: захватывающе...

Хотите вернуться в беззаботное время и погрузиться...

Самые невероятные ледяные чуде...

Природа — самый величайший и искусный из тво...

Куда пропадают носки?...

Чудеса! Проснулся утром, а из пары носков остался ...

Как добиться известности в инт...

        Желание добиться чего-...

Сотрудники китайских компаний ...

Одно из слагаемых китайского «экономического чуда»...

Как создать тёплую атмосферу з...

Настроение во многом зависит от того, что вы съели...

Дистанционное обучение по Зако...

Закупочная деятельность государственных и муниципа...



Новости развития информационнного портала:

Наш портал сделан для людей, стремящихся день за днем совершенствоваться во всех сферах жизни. Каждый для себя найдет что-то интересное и подчеркнет из статьи полезные вещи. На сайте описано огромное количество моментов, которым в повседневной жизни вы найдете практическое применение. Отсутствие навязчивой рекламы, политики и новостных лент, наличие легкого юмора и полезных текстов делает наш сайт приятным для просмотра.

Полезная и познавательная информация, которая сосредоточена на нашем ресурсе дает возможность ответить на многие интересующие вас вопросы. Для того, чтобы каждый посетитель на нашем портале смог в кротчайшие сроки отыскать нужную, для него информацию, мы максимально упростили интерфейс и улучшили систему поиска необходимой статьи. Теперь нет нужды расходовать огромное количество времени для поиска ответа на необходимый для тебя вопрос.