Множественность сайтов связывания miRNA с mRNA гена SPN человека

MicroRNA (miRNA) являются короткими нуклеотидными последовательностями длиной от 16 до 27 нуклеотидов. Они способствуют подавлению транскрипции, связываясь с miRNA белок-кодирующих генов человека. Сиалофорин (SPN) является гликопротеином, который играет важную роль в апоптозе, внутриклеточной сигнальной трансдукции, активации Т-лимфоцитов при адаптивном иммунном ответе, клеточной адгезии и дифференцировке. Сверхэкспрессия гена SPN активирует онкосупрессорные белки p53 и ARF. В связи с чем важно знать какие miRNA могут ингибировать трансляцию mRNA онкосупрессорного гена SPN.

Нуклеотидные последовательности mRNA генов человека получены из GenBank. miRNA взяты из miRBase. Поиск генов-мишеней для miRNA проводили с помощью программы MirTarget, написанную в нашей лаборатории. Для каждого сайта рассчитывали отношение ΔG/ΔGm (%), где ΔGm равно свободной энергии связывания miRNA с полностью комплементарной нуклеотидной последовательностью.

Проведен поиск сайтов связывания 2036 miRNA в mRNA гена SPN человека. Используя программу MirTarget был отобран 31 сайт связывания со свободной энергии гибридизации miRNA с mRNA равной 90% и более. Особенностью этого гена является наличие большого количества высококомплементарных сайтов связывания. Другой особенностью является то, что двадцать miRNA образуют сайты связывания, расположенные в 3"UTR (30 сайтов) и в CDS (один сайт). MiR-4532 кодирует сайт связывания в CDS mRNA гена SPN, который кодирует олигопептид SPGLPG. Большинство miRNA имеют интрогенное происхождение: miR-378b (ATP2B2), miR-619-5p (SSH1), miR-574-5p (FAM114A1), miR-1273a (RGS22), miR-1273c (TIAM2), miR-1273d (KIF1B), miR-1273e, miR-1273f (SCP2), miR-1273g-3p (SCP2), miR-1285-5p (KRIT1), miR-1972 (PDXDC1, PDXDC2P), miR-3123 (RGS7), miR-4279 (PDZD2), miR-4451 (ARHGAP24), miR-5095 (SCP2) и miR-5096 (BMP2K), где в скобках указан хозяйский ген. Эти miRNA могут совместно экспрессироваться с их хозяйскими генами. miR-466, miR-6127, miR-4532 и miR-7851-3p являются межгенными. Необычным является то, что почти все представители одного семейства miRNA (miR-1273) имеют сайты связывания, расположенные рядом в разных комбинациях, с одной и той же mRNA. И такие группы с сайтами повторяются несколько раз на протяжении всей 3"UTR. miR-5095 и miR-619-5p образуют по четыре сайта связывания с mRNA гена SPN; miR-1285-5p и miR-5096 — по три сайта и miR-4279 — по два сайта. miR-574-5p имеет полисайт связывания с mRNA SPN, который может начинаться с пяти разных нуклеотидов, которые находятся друг от друга на расстоянии двух нуклеотидов (2933н., 2935н., 2937н., 2939н. и 2941н.). Такой тип сайта так же как и полностью комплементарные сайты является более устойчивым к точковым мутациям. miR-5096 и miR-619-5p образуют полностью комплементарные сайты связывания, которые могут оказывать деградирующий эффект на mRNA гена SPN.

Ингибирование трансляции mRNA гена SPN может зависеть от экспрессии хозяйского гена SCP2, который кодирует miR-1273g-3p, miR-1273f и miR-5095. Эти miRNA образуют в сумме шесть сайтов, через которые может происходить ингибирование mRNA. Наличие нескольких сайтов связывания указывает на более сильный эффект ингибирования трансляции mRNA. Прослеживется непрямая регуляторная связь между хозяйскими генами и эффективностью экспрессии гена SPN. В результате было выявлено 20 miRNA, которые образуют высококомплементарные сайты с mRNA гена SPN.


Задубенко Денис Владимирович, e-mail: denis_zadubenko@mail.ru. Источники: http://www.ncbi.nlm.nih.gov , http://mirbase.org.

Автор статьи: неизвестный | Дата публикации: 00:17 15.12.2016 Atlevel.Ru




Отзывы и комментарии
Ваше имя (псевдоним):
Проверка на спам:

Введите символы с картинки:



Читаемые

Голубоглазые брюнетки из птичьего мира, или Что мы

Это случилось зимой. Сразу после Нового года в первых числах января пришли суровые морозы. Минус 25 и ниже — для Питера почти стихийное бедствие. Само собой, все живое попряталось по домам,...

Кругом враги. Самые неприступные сооружения мира

К ним ведут сложные запутанные тропы, крутые лестницы из сотен каменных ступеней и опасные подвесные мосты, проложенные над бездонными пропастями. Некоторые выдающиеся исторические сооружения надежно ...

Ресторан для бракосочетания: на какие моменты смот

Банкет занимает главную долю брачной церемонии. Точно выбрать ресторан для свадьбы, так чтобы все остались довольны – дело непростое и серьезное. Обратим внимание на ключевые моменты. Значимый п...

Великая Китайская Стена

Великая Китайская Стена это одно из самых грандиозных сооружений всех времен и народов, это чудо света, символ Китая, о котором наслышаны все цивилизованные люди. Ни одно сооружение в мире не имеет с...

Новости развития информационнного портала:

Наш портал сделан для людей, стремящихся день за днем совершенствоваться во всех сферах жизни. Каждый для себя найдет что-то интересное и подчеркнет из статьи полезные вещи. На сайте описано огромное количество моментов, которым в повседневной жизни вы найдете практическое применение. Отсутствие навязчивой рекламы, политики и новостных лент, наличие легкого юмора и полезных текстов делает наш сайт приятным для просмотра.

Полезная и познавательная информация, которая сосредоточена на нашем ресурсе дает возможность ответить на многие интересующие вас вопросы. Для того, чтобы каждый посетитель на нашем портале смог в кротчайшие сроки отыскать нужную, для него информацию, мы максимально упростили интерфейс и улучшили систему поиска необходимой статьи. Теперь нет нужды расходовать огромное количество времени для поиска ответа на необходимый для тебя вопрос.